بروتوكول قرطاجنة بشأن السلامة الأحيائية لاتفاقية التنوع البيولوجي هي معاهدة دولية تدير حركة الكائنات الحية المحورة الناتجة عن التكنولوجيا الحيوية الحديثة من بلد إلى آخر. وقد تم المصادقة عليها في 29 يناير 2000 كاتفاقية تكميلية لاتفاقية التنوع البيولوجي والتي دخلت حيز التنفيذ في 11 سبتمبر 2003.

ويهدف هذا البروتوكول إلى حماية التنوع البيولوجي من المخاطر المحتملة التي تشكلها الكائنات الحية المحورة الناتجة عن التكنولوجيا الحيوية الحديثة.  ويحدد إجراء اتفاقية مسبقة عن علم لضمان حصول البلدان على المعلومات اللازمة التي تمكنها من اتخاذ قرارات مستنيرة قبل الموافقة على استيراد هذا النوع من الكائنات إلى أراضيها. ويعترف بروتوكول قرطاجنة، بإمكانيات التكنولوجيا الحيوية الحديثة في تعزيز التنمية، شريطة أن يتم تطويرها واستخدامها مع التدابير الأمنية المناسبة للبيئة وصحة الإنسان.

إن المغرب طرف في بروتوكول قرطاجنة منذ 25 أبريل 2011. ويعمل القطاع الوزاري المكلف بالبيئة كنقطة اتصال على مستوى اتفاقية التنوع البيولوجي وبروتوكول قرطاجنة.

وقد تم تعيين المكتب الوطني للسلامة الصحية للمنتجات الغذائبة باعتباره السلطة الوطنية المختصة المسؤولة عن تنفيذ المهام الإدارية لبروتوكول قرطاجنة.